A estrutura de governança da EcoRodovias é composta por três órgãos principais: Conselho de Administração, Comitês do Conselho de Administração (Auditoria, Gestão de Pessoas e Governança e Investimentos, finanças e Riscos) e Diretoria..

O Conselho de Administração atua em âmbito institucional: define a orientação geral dos negócios, aprova planos e metas, estabelece diretrizes específicas a serem implementadas e acompanha o desempenho empresarial do Grupo EcoRodovias.

Os Comitês de Auditoria, Gestão de Pessoas e Governanças e Investimentos, Finanças e Riscos são órgãos não deliberativos que debatem, acompanham e recomendam ao Conselho de Administração a aprovação das matérias de sua competência. Sua função é atuar como um fórum de discussão que possibilite maior amadurecimento e alinhamento das propostas e contribua para melhorar a qualidade das decisões do Conselho de Administração.

A Diretoria da EcoRodovias exerce a gestão compartilhada, na busca sistemática pelo consenso entre todos os seus membros, reforçando o espírito de equipe e o conceito de órgão com decisões colegiadas.